Dados do Trabalho

Título

Identificação de Rearranjos de Ig e TCR e Caracterização do Perfil de Tamanho de Fragmentos de ctDNA em Linfomas Pediátricos

Introdução

O linfoma é uma neoplasia do sistema linfoide com diversos subtipos divididos conforme sua origem e características moleculares. Semelhante à leucemia linfoblástica aguda (LLA), os linfomas têm origem clonal ou oligoclonal, como evidenciado pelos rearranjos de genes de imunoglobulina (Ig) e receptores de células T (TCR). Entretanto, diferente da LLA, cujo diagnóstico se dá pela avaliação da medula óssea, o diagnóstico do linfoma precisa da biópsia do tecido tumoral, um procedimento invasivo que acarreta desconforto para os pacientes.

Objetivo

O presente estudo tem como objetivo identificar os rearranjos de Ig e TCR nos linfomas pediátricos por sequenciamento de nova geração (NGS) e caracterizar o perfil de tamanho de fragmentos de DNA circulante tumoral (ctDNA) em alguns subtipos de linfomas através da análise no Bioanalyser (Agilent) para auxiliar no diagnóstico e monitoramento dos linfomas pediátricos.

Métodos

Para identificar os rearranjos de Ig e TCR foi utilizado uma multiplex nested PCR onde a primeira etapa de PCR utiliza primers consenso para os genes de Ig e TCR frequentemente identificados nas leucemias e na segunda etapa, os adaptadores e index são adicionados. Os primers foram descritos pelo consórcio BIOMED-2 (VAN DONGEN et al., 2003) (IgH, TCRD, IgK e IgL) e pelo EuroClonality (TCRG) (BRUGGEMANN M. et al., 2019). Os amplicons foram purificados, quantificados e sequenciados no sequenciador Miseq (Illumina) e a análise foi realizada no software High-Throughput Analysis of V(D)J Immune Repertoire (VIDJIL). As amostras que possuíram rearranjos foram selecionadas para a extração e análise do perfil de fragmentação do cfDNA no qual foi no Bioanalyser (Agilent). O projeto foi aprovado pelo comitê de ética em pesquisa (CEP) CAAE: 28386820.7.0000.5376.

Resultados

Foram testadas 30 amostras de vários subtipos de linfoma onde foi possível detectar rearranjos em 19 pacientes (63,33%). Os rearranjos mais frequentes foram IgH (29,41%) seguido por IgK (27,25%), IgL (25,49%), TCRG (7,84%) e TCRD (9,80%). Obtivemos um total de 51 rearranjos identificados, sendo que no subtipo Linfoma de Burkitt a frequência dos mesmos foi a maior. Dentre as amostras testadas 6 foram analisadas para o tamanho de fragmento. Observamos um perfil de fragmentação do cfDNA no subtipo de Linfoma de Hodgkin, onde os tamanhos permaneceram entre 162 e 169 pb.

Conclusões

Com esse trabalho foi possível identificar rearranjos de Ig e TCR em 63,33% dos linfomas pediátricos analisados que poderão ser usados para o acompanhamento do tratamento desses pacientes através da biópsia líquida. Para o perfil de fragmentação a casuística ainda é pequena. Nos próximos passos, mais amostras serão analisadas e o perfil de comprimento de fragmento em relação ao subtipo tumoral poderá ser melhor avaliado.

Palavras-chave

linfoma, biópsia líquida, rearranjo gênico.

Financiador do resumo

Esse artigo faz parte do projeto em andamento “Avaliação do DNA circulante tumoral como ferramenta de monitoramento dos pacientes pediátricos com tumores sólidos” financiado pelo Programa Nacional de Apoio à Atenção Oncológica (PRONON SIPAR NUP: 25000.012259/2019-42). Também foi financiada pela FAPESP processo número 2023/05013-5.