Dados do Trabalho

Título

Avaliação in silico da expressão de retrovírus endógenos em melanomas

Introdução

Melanoma é uma malignidade associada aos melanócitos, sendo mais comum na pele. No mundo, surgiram cerca de 325.000 novos casos, com estimativa de 57.000 óbitos, em 2020. As células tumorais apresentam um processo de demetilação global, o que resulta na expressão de genes normalmente silenciados, como os de retrovírus endógenos. Para tratamento de melanoma, utilizam-se medicamentos que têm como alvo as mutações no gene BRAF e NRAS. Nesse sentido, investigamos a expressão de retrovírus endógenos.

Objetivo

Avaliar a expressão de retrovírus endógenos em amostras de tumores de pacientes com câncer de pele melanoma.

Métodos

Será acessado o banco de dados NCBI GEO, TCGA-SKCM para extração de amostras de melanoma humano no formato “fastq” gerados a partir dos transcritos (RNA-Seq). As sequências serão alinhadas ao genoma humano hg38 utilizando BWA MEM. Os arquivos BAM contendo as sequências ambíguas serão anotadas com o Telescope. Os arquivos gerados serão enviados para a análise de expressão com o pacote DESeq2 no R. Além disso, utilizaremos a plataforma de dados The Human Protein Atlas, preenchendo a barra de busca com o termo “ERV”, a fim de avaliarmos a expressão de proteínas virais por imunohistoquímica.

Resultados

Identificou-se por meio de análise de RNAseq e de ensaio de imunohistoquímica, expressão de genes e proteínas dos retrovírus endógenos HERV3-1 e HERVMER34-1 em amostras depositadas no Protein Atlas. Não foi detectada a expressão protéica de outros retrovírus endógenos como ERVV-1, ERVW-1, ERVFRD-1, ERVK3-1, ERVV-2, ERVH48-1. A expressão gênica em tecidos saudáveis variou entre os vários ERV.

Conclusões

Identificou-se por meio de análise de RNAseq e de ensaio de imunohistoquímica, expressão de genes e proteínas dos retrovírus endógenos HERVK3-1 e HERVMER34-1. Não foi detectada a expressão de outros retrovírus endógenos. Investigaremos o banco de dados do TCGA com o intuito de avaliar a expressão desses retrovírus em uma coorte maior de pacientes.

Palavras-chave

Melanoma; Retrovírus endógeno; Transcriptoma

Financiador do resumo

FAPESP: 2023/06627-7