Dados do Trabalho

Título

Caracterização de lncRNAs regulados por ESR1/GATA3/FOXA1 em câncer de mama do subtipo luminal A

Introdução

O câncer de mama é o segundo tipo de câncer de maior incidência no mundo, e o mais comum em mulheres (INCA, 2023). O subtipo luminal A é o mais comum, representa 50-60% dos casos, sendo positivo para ER e PR e negativo para HER2. O processo de proliferação celular, crescimento e desenvolvimento do epitélio da mama é desencadeado pelo estrogênio que promove seu efeito através da ligação com o receptor de estrogênio (ESR1). ESR1 atua como fator de transcrição (TF) em cooperação com GATA3 e FOXA1. A rede regulatória entre ESR1/GATA3/FOXA1 é responsável por manter o fenótipo luminal. A coexpressão desses três fatores de transcrição está correlacionada com os subtipos de câncer de mama ER+, especialmente o subtipo luminal A. A ativação da transcrição em resposta a E2 e mediada por ESR1/GATA3/FOXA1 é bem descrita para os genes codificantes de proteína. Sendo que os RNAs não codificantes (ncRNAs) como os lncRNAs são pouco estudados. A transcrição de genes de lncRNAs necessita de TFs que determinam a especificidade de sua expressão em um determinado contexto biológico.

Objetivo

Identificar e avaliar funcionalmente lncRNAs superexpressos no câncer de mama luminal A regulados pelos fatores de transcrição ESR1, GATA3 e FOXA1.

Métodos

A primeira etapa consistiu na identificação de lncRNAs superexpressos em câncer de mama luminal A, a partir da análise de expressão diferencial de dados de RNA-seq do TCGA (The Cancer Genome Atlas). A busca por sítios de ligação para os fatores de transcrição foi realizada através de dados de ChIP-seq. Para validação das análises de bioinformática, será realizada a modulação da expressão dos fatores de transcrição ESR1, FOXA1 e GATA3 utilizando siRNAs e vetores de superexpressão em linhagens de câncer de mama do subtipo luminal A e triplo negativo. Em seguida, será realizada a análise de expressão dos lncRNAs que apresentarem regulação mediada pelos três fatores de transcrição para análises funcionais.

Resultados

A partir da análise de expressão diferencial de dados de RNA-seq identificou-se 884 lncRNAs superexpressos e 9682 lncRNAs com menor expressão no subtipo luminal A comparado ao basal. Entre os superexpressos, foram pré-selcionados 34 lncRNAs com logFC > 1,4. Em seguida, através dos dados de ChIP-seq do UCSC Genome Browser identificou-se a presença de sítios de ligação para os fatores de transcrição ESR1, GATA3 e FOXA1 localizados próximos a região promotora dos 34 lncRNAs. Assim, ao final foram selecionados 8 lncRNAs (ENSG00000244468.1; ENSG00000253768.1; ENSG00000259459.1; ENSG00000235123.1; ENSG00000253125.1; ENSG00000238117.1; ENSG00000254231.1; ENSG00000249042.1). Para início das validações funcionais, foi realizado o silenciamento do fator de transcrição ESR1 através de siRNA na linhagem celular MCF7. A expressão de ESR1 reduziu aproximadamente 60% nas células transfectadas com o siESR1 em comparação ao controle. A análise de RT-qPCR indicou redução da expressão dos 8 lncRNAs nas células com silenciamento de ESR1. As etapas seguintes de análise e validação para os outros dois fatores de transcrição (GATA3 e FOXA1) estão em andamento.

Conclusões

Esse trabalho destaca lncRNAs pouco descritos que se apresentam como potenciais reguladores em processos celulares no câncer de mama subtipo luminal A.

Palavras-chave

mama, ESR1, lncRNA

Financiador do resumo

CAPES, CNPQ