Dados do Trabalho

Título

Caracterização do perfil microbiano no câncer de pulmão por abordagem metatranscriptômica

Introdução

Nos últimos anos, o estudo do câncer de pulmão tem se voltado para a avaliação da composição microbiana no ambiente tumoral, na tentativa de estabelecer associações entre o ambiente tumoral e a presença de microrganismos que podem influenciar na progressão do processo canceroso. No entanto, ainda há muitas lacunas de conhecimento a serem elucidadas, especialmente no que concerne à caracterização do microbioma em diferentes condições clínicas.

Objetivo

Caracterizar a composição microbiana de pacientes com câncer de pulmão comparando amostras de tecido tumoral e adjacente ao tumor e avaliar diferenças estatísticas quanto ao perfil de diversidade entre os dois ambientes.

Métodos

As amostras de pacientes com câncer de pulmão atendidos no Hospital João de Barros Barreto, foram separadas em dois grupos: Tumoral (n=7) e adjacente (n=2), cuja coleta foi aprovada pelo CEP nº CAAE 41667021.4.3001.0017. O RNA total foi extraído com o kit Biospin Total RNA Extraction II (BioFlux) e o preparo da biblioteca para sequenciamento, com o TruSeq Stranded Total with Ribozero (Illumina). A plataforma NGS utilizada foi a Nextseq 500/550 (paired-end, 2 x 75pb, Illumina). A análise de qualidade das leituras foi feita no software Fastp (Qualidade mínima > 15) e a descrição taxonômica foi executada no programa Kraken2 usando como referência a base de dados que contém sequências do genoma humano, de bactérias, vírus e archea, em que um script in-house foi desenvolvido para calcular os alinhamentos a nível de gênero. Os dados foram tratados e analisados em RStudio com diversos pacotes, dentre eles DESeq2, Vegan e ggplot2.

Resultados

Foram identificados um total de 1232 gêneros, dos quais foram utilizados apenas 288 nas análises de abundância relativa e diversidade, cujo critério foi estarem presentes ao menos metade do total de amostras. O domínio Bacteria foi o mais representativo de todo o microbioma predito, em que os gêneros Klebsiella, Alcanivorax, Gemmata, Staphylococcus, Rizhobium e Bacillus tiveram destaque quanto à predominância em ambos os tipos de tecido. O perfil de diversidade shannon (H') para amostras de tumor teve média igual a 2.21, enquanto que as de tecido adjacente tiveram média igual a 1.95, contudo, não houve diferença significativa entre os microambientes estudados (Kruskal-Wallis; p-value = 0.38).

Conclusões

Não houve diferença nas estimativas de diversidade entre os grupos avaliados neste trabalho, sugerindo a existência de um campo de cancerização, no qual o microambiente tumoral já começa a exibir alterações características do câncer, nesse caso, um microbioma estruturalmente semelhante. Portanto, análises posteriores serão necessárias para elucidar se tal perfil microbiano se altera entre as duas condições aqui avaliadas e se exerce alguma influência na fisiopatologia tumoral.

Palavras-chave

Metatranscriptômica, câncer de pulmão, microbioma.

Financiador do resumo

FAPESPA e CAPES.