Dados do Trabalho

Título

Análise exploratória do gene ANKHD1 em câncer de estômago: potenciais funções moleculares e alvos regulatórios

Introdução

O câncer de estômago é o quinto tipo mais diagnosticado e a quarta principal causa de morte por câncer no mundo. O gene ANKHD1 codifica para uma proteína com 25 repetições de anquirina e um domínio de homologia K, que permitem o estabelecimento de interações proteicas e com ácidos nucleicos. Nesse sentido, tem-se demonstrado que a ANKHD1 atua como reguladora de vias de sinalização e processos relevantes para a biologia do câncer. Contudo, seu papel no câncer de estômago ainda não foi elucidado.

Objetivo

Assim, visou-se caracterizar a expressão de ANKHD1 em amostras de estômago normais e adenocarcinoma gástrico (AG), investigando sua associação com fatores clínicos e seu impacto sobre a sobrevida dos pacientes, bem como determinar a assinatura gênica associada à sua expressão diferencial.

Métodos

As análises foram conduzidas utilizando-se os dados da coorte de AG do TCGA. Para as análises estatísticas, adotou-se um nível de significância de 0.05 e FDR<0.25. Os valores de transcrito de ANKHD1 foram comparados entre as amostras normais e tumorais pelo teste Mann-Whitney. Para as demais investigações, os valores de expressão foram ordenados e considerou-se o primeiro e último quartil para a dicotomização dos pacientes em alta ou baixa expressão de ANKHD1. As curvas de sobrevivência foram estimadas pelo método de Kaplan Meier, utilizando-se o teste Logrank. Para a associação da expressão de ANKHD1 com fatores clínicos e moleculares, conduziu-se o teste qui-quadrado. Os genes diferencialmente expressos (DEGs) foram identificados utilizando-se o pacote limma-voom. A correlação de outros genes com ANKHD1 foi verificada por meio da correlação de Spearman. As análises de enriquecimento de conjunto de genes foram conduzidas com o software GSEA e as anotações do Gene Ontology (GO).

Resultados

O nível de transcritos de ANKHD1 é maior em amostras de AG do que de estômago normal (p=0.037). Apesar de a alta expressão de ANKHD1 não impactar diretamente a sobrevida global ou livre de progressão dos pacientes, houve associação entre a sua expressão e maior tamanho do tumor primário, (p=0.003), estágios TNM mais avançados (p=0.046) e subtipos moleculares de AG (p=0.001). Dentre os DEGs encontrados, CEACAM5, um biomarcador em tumores gastrointestinais, apresentou o maior fold change, sendo super expresso no grupo de alta expressão de ANKHD1. As anotações do GO indicaram que os genes super expressos no grupo de alta expressão de ANKHD1 relacionam-se à adesão celular e à regulação do processo transcricional, enquanto os regulados negativamente associam-se à ativação de células do sistema imune e à resposta inata. A análise pelo GSEA indicou enriquecimento de conjuntos de genes relacionados ao reparo do DNA, via de P53 e à resposta à radiação UV no grupo de baixa expressão de ANKHD1.

Conclusões

Os resultados obtidos indicam que a alta expressão de ANKHD1 em adenocarcinoma gástrico associa-se a fatores de maior agressividade do tumor. Ainda, as análises de genômica funcional auxiliam na identificação de potenciais novos alvos e processos celulares regulados pela ANKHD1 no câncer, como a adesão celular e a regulação transcricional. Assim, estes dados, somados à posterior validação experimental, contribuem para a elucidação do papel de ANKHD1 no câncer de estômago.

Palavras-chave

ANKHD1; adenocarcinoma gástrico

Financiador do resumo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) #2022/11038-8 e Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)